对于已经开始运作的园区，发现存在一些问题，需要学校层面解决，或学校出面与当地政府协商解决。
1、交通问题。天津京滨工业园距离北京约45千米，学校将有80~100名教授及研究生陆续入住京滨园开展实验研究和成果孵化，每天尤其是周末会有人来往于北京与天津之间，目前交通不便，高新院考虑购置一辆考斯特类型的面包车，但没有经费。北京化工大学秦皇岛环渤海生物产业研究院等也存在类似的交通问题。
2、缺乏工业用地。化工大学每年都会研究成功上百项项新技术和新产品，学校也一直在寻求一块约200亩工业用地，用于建设化工大学科技和产业化园区，集中进行科技成果的工程化和产业化。化工大学在运作京滨工业园6000㎡科技楼的同时，也曾多次提出想在京滨园购置100~200亩工业用地，以便使化工大学在新材料、装备制造、节能环保、国防军工等方面的高新技术在京滨园孵化和产业化。
3、资金问题：学校没有专项资金用于京滨工业园、秦皇岛经济技术开发区等的成果孵化和产业化基地的建设。我校已有课题组自筹资金在秦皇岛开发区投资千万元用于中试生产线的建设，在今后的一年内我校各课题组也将在京滨园投资约1000万元购置各种实验仪器和设备。京滨园A9号科技楼需要安装门禁系统、监控系统等，经费没有落实。另外购置100~200亩工业用地所需的2500~5000万元的资金没有落实。
鉴于在购置工业用地、建设孵化实验室和厂房、购置工程化仪器和设备中需要大量的资金支持，建议学校成立“北京化工大学成果孵化基金”，专门投资于工程化基地建设和科技成果孵化，基金由校外企业出资金入股，学校出技术成果入股并控股。
4、简化教师报销审批手续。入驻京滨园的各个课题组老师，在实验室装修、报销物业管理费、网络使用费等方面遇到许多困难，报销手续繁琐，希望学校协调，各职能部门给予便利。
5、知识产权：对于以北京化工大学名义申请并获批的专利技术，秦皇岛环渤海生物产业研究院将选择性的引入，以便更新、充实研究院技术项目库。有关知识产权及支付费用方式的问题需要学校予以协调，探讨如何更好的促进科技成果转化。
6、研究院招生：对于外设院的发展，研发力量是重要的支撑。希望效仿常州院、厦门院等模式，秦皇岛环渤海生物产业研究院以外设研究院的名义招生物化工或制药工程方向的研究生，促进与当地企业的合作，并且开展课题项目的就地研发和成果转化。